26일 열린 국무회의에서는 농업분야의 비과세·감면사항을 포함한 세법 시행령 개정안이 통과됐다.  이번 개정은 조세특례제한법, 부가가치세법, 법인세법 등 지난해 12월 국회를 통과한 국세 세법 개정안에서 위임한 사항을 규정하기 위한 후속조치이다.

농업분야 세법 주요 개정 내용은 영농상속공제 대상 확대(상속세 및 증여세법 시행령 §16) - (기존) 농지·초지 등 → (개정) 축사·창고 등 건축물과 그 부지 추가 영농상속공제는 영농에 종사하는 경우 상속세에서 최대 5억원을 공제해준다. 

농업용기자재 부가가치세 환급 대상은 (기존) 47건 → (개정) 5건 추가, 임업용기자재 추가 농업용 양파망․마늘망, 축산 착유용 라이너, 축산용 분만실 깔판, 축산용 대인소독기, 축산용 방역복 등이다.

농산물 의제매입세액 공제 개선 의제매입세액 공제는 원료인 (면세)농산물 구입 시 매입세액(부가가치세)이 있는 것으로 간주하여 구매금액의 일부를 매출세액에서 공제 - 개인 음식점업자에 대한 공제한도 를 상향한다.

 또 기간별 농산물 매입이 불균등한 제조업(인삼 제조업 등)에 대한 공제한도 계산 방식 개선 일반적으로 상하반기로 나누어 매출액 기준 공제한도를 적용하나, 1년간 매입액을 기준으로 공제 한도 설정 가능하다.

이 외에도 양도소득세·증여세 감면 대상 농업인 범위를 확대했는데 (기존) 농지소재지로부터 20km 이내 거주 → (개정) 30km 이내 자경농지·축사용지 양도, 농지대토, 영농조합법인에 현물출자 시 양도소득세 감면 및 영농자녀 농지에 대해 증여세를 감면해준다.

또 농협 경제지주 및 자회사에 대한 감면 신설은 (기존) 농협중앙회가 경제사업 수행 시 세제 감면 → (개정) 농협 경제지주 및 자회사 추가  정부대행사업 시 부가가치세 면제, 농기자재 영세율 적용·부가가치세 환급, 면세유 적용, 주류중개업 면허 대상에 추가했다. 

농식품부 관계자는 "이번 개정을 통해 다수의 FTA 체결로 어려움을 겪는 축산업자들이 가업을 승계할 유인을 제공하고, 부가가치세를 사후 환급하는 대상을 확대하여 농림업용기자재 구입비용을 경감하는 등 농업인에 대한 조세 지원 효과가 있을 것으로 예상된다"고 밝혔다.