농림축산식품부는 농협중앙회와 농협재단에 대한 특별감사 중간 결과를 발표하고, 비위 의혹이 확인된 2건에 대해 수사기관에 수사를 의뢰했다고 8일 밝혔다.

인사·조직 운영의 난맥상과 내부통제 부실, 방만한 예산·경비 집행 등 구조적 문제도 다수 드러났다. 

농식품부는 지난해 10월 국정감사 과정에서 농협 관련 비위 의혹이 반복적으로 제기됨에 따라 2025년 11월 24일부터 12월 19일까지 농협중앙회와 농협재단을 대상으로 특별감사를 실시했다. 감사에는 변호사와 회계사 등 외부 전문가 6명을 포함해 총 26명이 투입됐다.

감사 결과, 농협중앙회 임직원 형사사건과 관련한 변호사비 지급 의혹과 농협재단 임직원의 배임 의혹 등 2건에 대해 법령 위반 소지가 있다고 판단해 수사를 의뢰했다. 이와 함께 사실관계가 확인된 65건(농협중앙회 43건·농협재단 22건)에 대해서는 확인서를 징구(徵求)하고, 향후 처분 사전통지와 이의신청 절차를 거쳐 최종 감사 결과를 확정·공개할 예정이다.

농협중앙회에서는 내부통제 기구가 형식적으로 운영되고, 임직원 비위에 대한 징계가 온정적으로 이뤄졌다는 점이 지적됐다. 일부 임직원 범죄 혐의에 대해 인사위원회 심의 없이 고발이 이뤄지지 않았고, 성희롱 등 중대 사안에 대해서도 경징계에 그친 사례가 확인됐다.

자금 및 경비 집행에서도 문제점이 드러났다. 회원조합에 대한 무이자자금 지원이 특정 조합에 편중됐고, 중앙회장의 해외출장 숙박비가 규정 상한을 초과해 집행된 사례가 확인됐다. 업무추진비 사용 내역을 정보공개법에 따라 공개하지 않은 점도 감사 대상에 포함됐다.

농협재단의 경우 원칙 없는 채용과 관리 부실한 기부물품 운영, 수의계약 위주의 폐쇄적 계약 관행이 문제로 지적됐다. 기부물품 지원 과정에서 실제 수혜자와 전달 내역을 제대로 점검하지 않아 목적 외 사용 가능성이 제기됐다.

농식품부는 제보 시기와 감사 기간 제한 등으로 사실관계 확인이 미흡했던 38건에 대해서는 추가 감사를 실시할 계획이다. 농협 선거 관련 부정·금품 수수 의혹 등은 범정부 합동감사 체계를 구축해 보다 강도 높게 점검한다는 방침이다.

아울러 감사 결과를 토대로 농협중앙회와 회원조합의 인사·운영 투명성을 높이고 내부 감사 기능을 정상화하는 등 제도 개선도 추진한다. 농식품부는 1월 중 ‘농협 개혁 추진단’을 구성해 선거제도와 지배구조 개선 방안, 추가 법 개정 사항을 논의할 계획이라고 밝혔다.